有源滤波器的闭环控制策略中最常用的是模拟或数字PI控制，另外还有变结构控制、模糊控制和人工神经网控制等现代新型控制方法。PI控制器一般用于逆变器赢流环节的控制，如控制电压源型逆变器直流母线电压或电流源型逆变器直流母线电流。电压源型电流跟踪型有源滤波器直流母线电压的稳定就采用了PI控制器。给定直流参考电压与直流母线电压的差作为PI的输人信号，控制器的输出信号作为稳定逆变器直流母线电压的有功电流峰值。它与电网同步单位参考电压的乘积即为PwM电流控制器的一部分输入信号。

50年代发展起来的变结构控制困其具有理想的鲁棒性而在控制领域得到了较多的应用。将变结构系统和滑模控制技术应用到有源滤波器的设计和实现，对三相电压源逆变器构成的有源滤波器进行闭环控制。此类系统仅需简单的进线电流测量，不需从负载电流计算有功和无功功率。将模糊控制器用于并联有源滤波器的直流环节电容电压控制，不必检测谐波和无功电流，系统控制电路结构简单，动态性能高于传统比侧积分控制。

人工神经网络具有自适应和自组织能力，可以根据系统的输入和输出寻找它们之间的非线性关系。将神经网络控制应用到有源电网调节器．该系统采用包括基因算法和BP算法的神经网络控制器，基因算法用于获取数据，BP算法用于训练神经网络，该控制器可以直接产生有源电网调节器逆变器的开关控制信号，从而发出补偿电流，大大降低电源电流的谐波含量。但这些算法都还只是仿真研究，到实际应用还有一定的距离。

有源滤波器控制策略一般还包括开关器件的PWM脉冲信号的形成。目前常用的PWM生成方式主要有三角波比较、滞环控制法、预测控制法、特定消谐法和空间矢量法等。