有源电力滤波器按与系统连接方式分类，可分为串联型、并联型、混合型和串-并联型。

并联型有源电力滤波器可等为一受控电流源，主要适用于感性电流源负载的谐波补偿。它能对谐波和无功电流进行动态补偿，并且补偿特性不受电网阻抗影响。目前这类APF技术已相当成熟，大多数工业运行的有源电力滤波器多属此类。

串联型有源电力滤波器可等效为一受控电压源，主要用于消除带电容滤波的二极管整流电路等电压型谐波源负载对系统的影响，以及系统侧电压谐波与电压波动对敏感负载的影响。由于此类有源电力滤波器中流过的电流为非线性负载电流，因此损耗较大；此外串联有源电力滤波器的投切、故障后的退出等各种保护也较并联有源电力滤波器复杂，所以目前单独使用此类有源电力滤波器的案例较少，国内外的研究多集中在其与LC无源滤波器构成的混合型有源电力滤波器上。

混合型有源电力滤波器就是将常规有源电力滤波器上承受的基波电压移去，使有源装置只承受谐波电压，从而可显著降低有源装置的容量，达到降低成本、提高效率的目的。其中LC滤波器用来消除高次谐波，有源电力滤波器用来补偿低次谐波分量。